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Xinjiang Agricultural Sciences

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Gene cloning and bioinformatics analysis of the cold-adapted amylase from Aeromonas sp.

CHU Min;ZHANG Zhi-dong;WANG Wei;SONG Su-qing;Gu Mei-ying   

  • Received:2014-11-25 Revised:2014-11-25 Online:2014-11-25 Published:2014-11-25

气单胞菌低温淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析

楚敏;张志东;王玮;宋素琴;顾美英   

  1. 新疆农业科学院微生物应用研究所,乌鲁木齐,830091





摘要： [目的]获得低温菌LA77的低温淀粉酶基因及其生物学信息.[方法]用16S rDNA序列分析对其进行了分子鉴定,并根据分类地位进行了特异引物设计和PCR扩增,通过生物学网站和软件对获得的基因及编码蛋白进行分析.[结果]低温菌LA77归属于气单胞菌属,PCR扩增获得一条编码703个氨基酸的完整开放阅读框的基因.通过生物信息学分析显示该蛋白质理论分子量约为77.9 kD,等电点为6.16,为亲水、且具有信号肽的跨膜蛋白.可能存在10个磷酸化位点,1个糖基化位点,二级结构主要由α螺旋和随机卷曲构成.基于氨基酸序列的结构域和系统进化树分析表明,该蛋白属于α-淀粉酶家族,极可能为低温淀粉酶.[结论]LA77低温淀粉酶基因的获得,将为低温淀粉酶基因的进一步改造、表达以及其酶低温催化机理的阐释奠定重要的基础.