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Xinjiang Agricultural Sciences

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Genomi-wide Investigation and Expression Analysis of CAD Gene Family in Gossypium hirsutum

ZHANG Jin-bo;LI Bo;YANG Yang;HU Wen-ran;CHEN Fan-yuan;XIE Li-xia;FAN Ling   

  • Received:2016-07-25 Revised:2016-07-25 Online:2016-07-25 Published:2016-07-25

陆地棉CAD基因家族的进化和表达分析

张经博;李波;杨洋;胡文冉;陈方圆;谢丽霞;范玲   

  1. 新疆师范大学生命科学学院,乌鲁木齐830054;新疆农业科学院核技术生物技术研究所,乌鲁木齐830091;新疆农业科学院核技术生物技术研究所,乌鲁木齐,830091

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摘要： [目的]对陆地棉CAD基因家族成员进行进化和表达分析,了解其在棉纤维发育中的作用.[方法]应用生物信息学方法,从棉花基因组中筛选出21个CAD基因,并对CAD的基因结构、染色体分布、基因倍增模式以及系统进化进行分析.利用深度表达数据分析CAD基因在棉纤维发育各时期的表达.对比观察拟南芥cad5突变体和野生型根毛表型.[结果]同源性高的CAD基因复制对之间有相似的基因结构;片段重复和串联重复是CAD基因扩增的主要方式.进化分析可知,CAD基因可分为七个亚组,且功能相近的基因聚类在相同亚组.利用深度测序表达数据分析可知,CAD基因在棉纤维各个发育时期均有表达.对比拟南芥cad5突变体和野生型根毛发现,突变体相比于野生型有更长的根毛.[结论]CAD基因参与了棉纤维的发育的过程,并对棉花纤维发育起到一定的调控作用.