《新疆农业科学》编辑部采用严格的审稿流程，经查重与初筛、责编（编辑）初审、专家外审、副主编复审、主编终审等多个审核环节，以确保刊载论文的创新性和学术质量。我刊采编系统北京玛格泰克发展有限公司开发的采编软件：Journalx2.0（http://www.xjnykx.com），可满足审稿专家和编辑移动办公需要。
查重与初筛：收稿后稿件即进入系统，首先由编务采用中国知网“科技期刊学术不端文献检测系统（AMLC）”（https://check.cnki.net/amlc2/）进行不端检测，本刊要求正文重复率小于20%。然后由编辑部副主编审查稿件内容是否契合我刊宗旨、符合我刊范围，稿件部件是否基本齐全、写作是否基本规范。如通过初筛，则进入初审阶段；如退稿，请在邮件中查看审稿意见。初筛周期为一周左右。
责编初审：栏目责编作稿件形式审查和基本内容审查，审查论文著作权转让协议是否规范、作者是否亲笔签字，有异议的及时与作者联系核实；同时根据本刊审稿单逐条审阅全文，重点对稿件研究思路、试验设计的合理性、各处理的重复情况、数据统计分析以及行文表述规范性等进行把关，尤其注意审查中国地图、涉台称谓等内容。剔除创新性不足、研究不系统不深入、学术质量较差的稿件，将通过初审的稿件发送给合适的同行专家进行外审。责编初审周期为2~3天。
专家外审：严格执行同行评议制度，论文外审实行单盲同行评审，稿件由一位或两位以上同一专业的外审专家对论文的创新性、科学性、发表价值进行同行评议。如果外审专家均认为论文质量较好，文章将进入退修环节或复审、终审环节；如果外审专家均认为论文质量差、不建议发表，文章将被退稿；如果外审专家意见相左，则邀请第3名专家评审或由复审、终审决定是否录用、退修或退稿。专家外审周期为15~21天。
副主编复审：编辑部副主编根据责编初审意见、专家外审意见，结合作者多次返修稿和修改说明，全面综合审查稿件质量、学术水平和有效修改情况，给出是否录用的建议，并发送主编终审。副主编复审周期为3天。
主编终审：常务副主编综合以上审次意见，结合稿件内容，给出是否录用的最终意见。主编终审周期为7天。
本刊审稿过程一般不超过1个月左右；因本刊页码为264页/期，为固定页码，每期不得超出，所以若稿件被录用，投稿到刊发约7-10个月。
